As ações de saúde acontecem principalmente a partir do Programa Saúde na Escola (PSE) e do Projeto Saúde e Prevenção nas Escolas (SPE). Ambos foram consolidados a partir da Política Nacional de Educação Permanente em Saúde, que afirma o papel da educação na saúde, elencando para a mesma a necessidade de formular, promover e apoiar a gestão permanente em saúde, integrar processos que capacitem e possibilitem o desenvolvimento de políticas de educação permanente em saúde, etc.

O PSE tem a finalidade de contribuir para a formação integral dos estudantes de educação básica por meio de ações de prevenção, promoção e atenção à saúde que são realizadas pelas Equipes de Saúde da Família e a comunidade escolar. Assim, os municípios aderem ao programa, devendo para tal terem sido selecionados a partir de critérios, sendo um deles o baixo IDEB (índice de Desenvolvimento da educação Básica), sendo composto de quatro componentes:

1. Avaliação das condições de saúde
2. Promoção da saúde e prevenção
3. Educação permanente e capacitação dos profissionais e de jovens
4. Monitoramento e avaliação da saúde dos estudantes. A gestão do PSE é centrada em ações compartilhadas e co-responsáveis, havendo uma articulação intersetorial das redes públicas de saúde, educação e das demais redes sociais para o desenvolvimento de suas ações.

Os princípios do PSE são a intersetorialidade, a integralidade e a territorialidade. E por meio destes, os estudantes são reconhecidos como sujeito histórico, social e político, articulado ao seu contexto familiar, ao meio ambiente e à sociedade na qual se insere.

O Projeto Saúde e Prevenção nas Escolas (SPE) tem como finalidade incentivar o desenvolvimento de políticas públicas voltadas para a promoção da saúde integral dos educandos, com destaque a sexualidade e uso indevido de drogas.